Con thú Boris kẻ thù của đặc vụ K vượt ngục khỏi nhà tù mặt trăng, quay trở lại Trái đất với mục đích dùng cỗ máy thời gian để quay trở về năm 1969 khi mà hắn bị K đánh bại để giết K và để thay đổi lịch sử thế giới nhằm phá hủy Trái Đất. Trong game bạn sẽ vào vai đặc vụ J quay trở về khoảng thời gian trước khi con thú Boris giết được người bạn của mình, cuộc phiêu lưu bắt đầu.
Trong game bạn sẽ được sử dụng các vũ khí tối tân của tổ chức MIB (Men in Black)- Tổ chức những người mặc đồ đen và theo các dữ kiện tìm thấy để đi tìm Boris một điều không mấy dễ dàng khi mà trên đường bạn sẽ gặp rất nhiều tay sai của hắn cản đường. Với hình ảnh đẹp và các hiệu ứng sống động bạn sẽ lần lượt khám phá khi trải qua các khu vực chơi Manhattan, Coney Island, Cape Canaveral và MIB Headquarters.
